MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Methanococcus maripaludis C5 plasmid pMMC501

Total Repeats: 187

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009136	CTT	2	6	499	504	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	134046899
2	NC_009136	T	6	6	537	542	0 %	100 %	0 %	0 %	134046899
3	NC_009136	TCCTT	2	10	559	568	0 %	60 %	0 %	40 %	134046899
4	NC_009136	TCCT	2	8	588	595	0 %	50 %	0 %	50 %	134046899
5	NC_009136	T	6	6	625	630	0 %	100 %	0 %	0 %	134046899
6	NC_009136	TTAA	2	8	634	641	50 %	50 %	0 %	0 %	134046899
7	NC_009136	AT	3	6	677	682	50 %	50 %	0 %	0 %	134046899
8	NC_009136	GGT	2	6	710	715	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	134046899
9	NC_009136	AAT	2	6	733	738	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046899
10	NC_009136	AAC	2	6	739	744	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	134046899
11	NC_009136	TA	3	6	765	770	50 %	50 %	0 %	0 %	134046899
12	NC_009136	ATT	2	6	798	803	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046900
13	NC_009136	CCATT	2	10	837	846	20 %	40 %	0 %	40 %	134046900
14	NC_009136	TAA	2	6	905	910	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046900
15	NC_009136	TTA	2	6	919	924	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046900
16	NC_009136	TTA	2	6	1045	1050	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046900
17	NC_009136	TA	3	6	1049	1054	50 %	50 %	0 %	0 %	134046900
18	NC_009136	TTC	2	6	1121	1126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	134046900
19	NC_009136	TTC	2	6	1142	1147	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	134046900
20	NC_009136	AATAT	2	10	1233	1242	60 %	40 %	0 %	0 %	134046900
21	NC_009136	TCT	2	6	1318	1323	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	134046900
22	NC_009136	T	6	6	1327	1332	0 %	100 %	0 %	0 %	134046900
23	NC_009136	TTA	2	6	1356	1361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046900
24	NC_009136	GATT	2	8	1413	1420	25 %	50 %	25 %	0 %	134046900
25	NC_009136	TAAAT	2	10	1469	1478	60 %	40 %	0 %	0 %	134046900
26	NC_009136	ATTT	2	8	1492	1499	25 %	75 %	0 %	0 %	134046900
27	NC_009136	ATT	2	6	1512	1517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046900
28	NC_009136	TTG	2	6	1543	1548	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	134046900
29	NC_009136	ATT	2	6	1572	1577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046900
30	NC_009136	TCT	2	6	1578	1583	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	134046900
31	NC_009136	TAT	2	6	1610	1615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046900
32	NC_009136	ATG	2	6	1656	1661	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	134046900
33	NC_009136	ATT	2	6	1694	1699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046900
34	NC_009136	TAA	2	6	1738	1743	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046900
35	NC_009136	AATA	2	8	1823	1830	75 %	25 %	0 %	0 %	134046900
36	NC_009136	T	7	7	1831	1837	0 %	100 %	0 %	0 %	134046900
37	NC_009136	TAT	2	6	1849	1854	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046900
38	NC_009136	T	6	6	1854	1859	0 %	100 %	0 %	0 %	134046900
39	NC_009136	TAT	2	6	1880	1885	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046900
40	NC_009136	TTA	2	6	1999	2004	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046900
41	NC_009136	CCCG	2	8	2038	2045	0 %	0 %	25 %	75 %	134046900
42	NC_009136	TTC	2	6	2101	2106	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	134046900
43	NC_009136	TCA	2	6	2121	2126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	134046900
44	NC_009136	AAT	2	6	2166	2171	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046900
45	NC_009136	TAAAAT	2	12	2206	2217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046900
46	NC_009136	ATA	2	6	2257	2262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046900
47	NC_009136	TAA	2	6	2300	2305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046900
48	NC_009136	T	6	6	2374	2379	0 %	100 %	0 %	0 %	134046900
49	NC_009136	ATT	2	6	2484	2489	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046900
50	NC_009136	TAA	2	6	2513	2518	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046900
51	NC_009136	TAA	2	6	2554	2559	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046900
52	NC_009136	TAT	2	6	2576	2581	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046900
53	NC_009136	T	6	6	2603	2608	0 %	100 %	0 %	0 %	134046900
54	NC_009136	AT	4	8	2623	2630	50 %	50 %	0 %	0 %	134046900
55	NC_009136	CGG	2	6	2692	2697	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	134046900
56	NC_009136	CTT	2	6	2701	2706	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	134046900
57	NC_009136	T	6	6	2720	2725	0 %	100 %	0 %	0 %	134046900
58	NC_009136	AT	4	8	2732	2739	50 %	50 %	0 %	0 %	134046900
59	NC_009136	ATC	2	6	2775	2780	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	134046900
60	NC_009136	TTC	2	6	2804	2809	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	134046900
61	NC_009136	TG	3	6	2811	2816	0 %	50 %	50 %	0 %	134046900
62	NC_009136	CA	3	6	2851	2856	50 %	0 %	0 %	50 %	134046900
63	NC_009136	ATTT	2	8	2869	2876	25 %	75 %	0 %	0 %	134046900
64	NC_009136	CTAT	2	8	2940	2947	25 %	50 %	0 %	25 %	134046900
65	NC_009136	TTC	2	6	2990	2995	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	134046900
66	NC_009136	TTA	2	6	3033	3038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046900
67	NC_009136	ATT	2	6	3075	3080	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046900
68	NC_009136	T	6	6	3079	3084	0 %	100 %	0 %	0 %	134046900
69	NC_009136	T	6	6	3113	3118	0 %	100 %	0 %	0 %	134046900
70	NC_009136	CAT	2	6	3130	3135	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	134046900
71	NC_009136	T	6	6	3164	3169	0 %	100 %	0 %	0 %	134046900
72	NC_009136	GTT	2	6	3201	3206	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	134046900
73	NC_009136	AT	3	6	3217	3222	50 %	50 %	0 %	0 %	134046900
74	NC_009136	TAA	2	6	3228	3233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046900
75	NC_009136	ATA	2	6	3291	3296	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046900
76	NC_009136	T	6	6	3298	3303	0 %	100 %	0 %	0 %	134046900
77	NC_009136	GAT	2	6	3315	3320	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	134046900
78	NC_009136	GTG	2	6	3372	3377	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	134046900
79	NC_009136	TGT	2	6	3393	3398	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	134046900
80	NC_009136	T	6	6	3517	3522	0 %	100 %	0 %	0 %	134046901
81	NC_009136	T	6	6	3537	3542	0 %	100 %	0 %	0 %	134046901
82	NC_009136	ACT	2	6	3545	3550	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	134046901
83	NC_009136	CT	3	6	3549	3554	0 %	50 %	0 %	50 %	134046901
84	NC_009136	TCT	3	9	3552	3560	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	134046901
85	NC_009136	ATT	2	6	3576	3581	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046901
86	NC_009136	TGT	2	6	3623	3628	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	134046901
87	NC_009136	T	6	6	3638	3643	0 %	100 %	0 %	0 %	134046901
88	NC_009136	AAT	2	6	3644	3649	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046901
89	NC_009136	TCC	2	6	3651	3656	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	134046901
90	NC_009136	TCT	2	6	3657	3662	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	134046901
91	NC_009136	TAT	2	6	3682	3687	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046901
92	NC_009136	T	7	7	3734	3740	0 %	100 %	0 %	0 %	134046901
93	NC_009136	TGT	2	6	3810	3815	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	134046901
94	NC_009136	T	6	6	3827	3832	0 %	100 %	0 %	0 %	134046901
95	NC_009136	TA	5	10	3848	3857	50 %	50 %	0 %	0 %	134046901
96	NC_009136	AT	3	6	3868	3873	50 %	50 %	0 %	0 %	134046901
97	NC_009136	T	6	6	3873	3878	0 %	100 %	0 %	0 %	134046901
98	NC_009136	AT	4	8	3886	3893	50 %	50 %	0 %	0 %	134046901
99	NC_009136	A	9	9	3903	3911	100 %	0 %	0 %	0 %	134046901
100	NC_009136	TGC	2	6	4023	4028	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	134046902
101	NC_009136	AT	3	6	4046	4051	50 %	50 %	0 %	0 %	134046902
102	NC_009136	AAC	2	6	4091	4096	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	134046902
103	NC_009136	ATG	2	6	4116	4121	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	134046902
104	NC_009136	GAA	2	6	4131	4136	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	134046902
105	NC_009136	T	6	6	4149	4154	0 %	100 %	0 %	0 %	134046902
106	NC_009136	ATT	2	6	4161	4166	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046902
107	NC_009136	AAACC	2	10	4306	4315	60 %	0 %	0 %	40 %	134046902
108	NC_009136	A	7	7	4343	4349	100 %	0 %	0 %	0 %	134046902
109	NC_009136	AAAG	2	8	4355	4362	75 %	0 %	25 %	0 %	134046902
110	NC_009136	ATTA	2	8	4373	4380	50 %	50 %	0 %	0 %	134046902
111	NC_009136	A	6	6	4380	4385	100 %	0 %	0 %	0 %	134046902
112	NC_009136	A	6	6	4450	4455	100 %	0 %	0 %	0 %	134046902
113	NC_009136	ACAA	2	8	4612	4619	75 %	0 %	0 %	25 %	134046903
114	NC_009136	AGA	4	12	4647	4658	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	134046903
115	NC_009136	ATT	2	6	4663	4668	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046903
116	NC_009136	ATA	2	6	4757	4762	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046904
117	NC_009136	TAT	2	6	4787	4792	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046904
118	NC_009136	A	7	7	4899	4905	100 %	0 %	0 %	0 %	134046904
119	NC_009136	TTA	2	6	4906	4911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	134046904
120	NC_009136	AGA	2	6	4933	4938	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	134046904
121	NC_009136	TTG	2	6	4940	4945	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	134046904
122	NC_009136	TAA	2	6	4988	4993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046904
123	NC_009136	ATGA	2	8	5018	5025	50 %	25 %	25 %	0 %	134046904
124	NC_009136	AAT	2	6	5026	5031	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046905
125	NC_009136	AGAAA	2	10	5042	5051	80 %	0 %	20 %	0 %	134046905
126	NC_009136	ATTTA	2	10	5095	5104	40 %	60 %	0 %	0 %	134046905
127	NC_009136	ATA	2	6	5130	5135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046905
128	NC_009136	T	6	6	5145	5150	0 %	100 %	0 %	0 %	134046905
129	NC_009136	T	6	6	5177	5182	0 %	100 %	0 %	0 %	134046905
130	NC_009136	AAT	2	6	5183	5188	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	134046905
131	NC_009136	GTA	2	6	5208	5213	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	134046905
132	NC_009136	A	7	7	5223	5229	100 %	0 %	0 %	0 %	134046905
133	NC_009136	ATTT	2	8	5250	5257	25 %	75 %	0 %	0 %	134046905
134	NC_009136	ACA	2	6	5307	5312	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	134046905
135	NC_009136	AT	3	6	5315	5320	50 %	50 %	0 %	0 %	134046905
136	NC_009136	A	6	6	5327	5332	100 %	0 %	0 %	0 %	134046905
137	NC_009136	AT	3	6	5346	5351	50 %	50 %	0 %	0 %	134046905
138	NC_009136	ATTA	2	8	5425	5432	50 %	50 %	0 %	0 %	134046905
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.